Науырзым қорығы солтүстігінде Тобыл және оңтүстігінде Торғай өзендерінің бассейндері арасындағы ендік су алабында орналасқан. Өзен желісі мұнда тек маусымдық — көктемгі ағыны бар және негізінен ендік бағыты – Үстірт баурайынан Торғай ойпатына дейінгі уақытша су ағындарымен ұсынылған. Шығыс бағыттағы ең ірі өзендер: Дана-Бике және Науырзым-Қарасу, ұзындығы 58 және 85 км, айқын бассейндері бар және аңғардың жоғарғы ағысында дамыған. Көктемгі су тасқыны кезінде бұл өзендердің арналары сумен толтырылады, олар көлдерге жетіп, таяз сағаларды құрайтын ауыз қуысына кеңінен төгіледі. Төменгі ағысында олардың арналарында ұзындығы 1 км-ге дейін және ені 20-25 м-ге дейін тұрақты қалыптар сақталады. Тағы бір өзен-үлкен қараелга ағыны оңтүстік-батыстан ағып жатыр. Орта және төменгі ағысында олардың барлығы әлсіз көлбеу және арналардың салыстырмалы түрде аз кесілуімен сипатталады, ал көл бассейндерінің жанында олар кең депрессияларда толығымен ойнайды.
Шығыс үстіртінің тік беткейлері айтарлықтай құрғатылған. Әр 10-12 км сайын оларды мойын, Аққансай, Куркуутал және басқа да өзендердің 10-15 км сайында кесіп өтеді. Жоғарғы ағысында және шұңқырға шыққан кезде олар бочагтар тізбегі немесе кішкентай бөренелер бар ойық төсектер. Көл бассейндерінің жанындағы сағалық учаскелер өте әлсіз кесілген, кейде тек бұталар жолағымен белгіленеді немесе толығымен төгіледі, ал су тасқыны кезінде су бидаяк деп аталатын даланың төменгі бөліктеріне кең фронтпен төгіледі.
Торғай шұңқырында тереңдігі сирек 2,5 — 3 м-ден асатын жалпақ табақша тәрізді бассейндер сипатына ие көптеген көлдер шашыраңқы. олардың барлығы ағынды емес, материктік-көл режимі бар дефляциялық шығу тегі. Қорықтың ең ірі көлдері-Ақсуат тұщы көлдері мен Сарымойын жүйесінің тұщы және тұзды көлдері жүйесі-толған жылдары айна алаңына сәйкесінше 220 шаршы км және 126 шаршы км жетеді. Құрғақ және субаридті аймақтардың көптеген ағынсыз көлдері сияқты, оларда ылғалдылықтың Климаттық циклдерін ұстанатын көпжылдық сулану циклдары бар. Жоғары және орташа толтыру кезеңдері су деңгейінің төмендеуімен, кейде су объектілері толығымен құрғағанға дейін және біраз уақыттан кейін жаңа толтырумен ауыстырылады. Мұндай табиғи механизм көл бассейндерінің тұздану, шөгу немесе қатты жер үсті өсімдіктерімен толып кету процестерін тоқтатады және кері қайтарады.
Аумақты сумен қамтамасыз етудің негізгі көздері атмосфералық жауын шашын және жер асты сулары болып табылады